2022年3月20日，業務中心接到蘇州某大學的客戶有計算需求。接到反饋后，第一時間與客戶進行詳細溝通，情況如下：

客戶背景

客戶是蘇州某大學的博士，其主要研究物質是聚乳酸-羥基乙酸共聚物（PLGA）、雙草酸酯（CPPO）、二氫卟吩e6（Ce6），實驗組：PLGA與CPPO復合后在水相形成納米球（約100 nm）納米球外層為水相，對照組：單純的CPPO與Ce6的水溶液。通過對比實驗組和對照組的實驗結果，發現實驗組的結構更加穩定，但對這個原理并不了解，因而想通過模擬的方法來達到探究實驗組更加穩定的目的。

樣品名稱

聚乳酸-羥基乙酸共聚物（PLGA）、雙草酸酯（CPPO）、二氫卟吩e6（Ce6）

客戶需求

其研究目的如下：

1.實驗組在模擬環境中，由于PLGA對CPPO的相互作用，體系維持穩定，CPPO可緩慢從PLGA中釋放并與Ce6相互作用；

2.對照組在模擬過程中，由于CPPO的水溶性差，發生快速聚集，穩定性較差。

解決方案

軟件用gromacs，力場用的GAFF2；

1.用基本結構去建模，然后產生力場文件，生成top；

2.按照比例放置分子數量和設置模擬盒子大小；

3.隨后進行長時間的動力學模擬，觀察其包埋狀態，當其包埋好之后開始對其結果進行分析；

4，計算分子整個體系的SASA，相互間的距離變化；

5.分析分子間的接觸數，最后會有從初始到結束的過程圖片。

客戶反饋

客戶對數據結果非常滿意，通過分子動力學模擬，結果能夠非常好的契合其研究目的，模擬結果表明，包含PLGA分子的實驗組體系中，由于PLGA與CPPO分子間的相互作用，導致CPPO分子與Ce6分子間的聚集速度減慢，形成納米團簇的時間變長。